设立南疆行政公署，辖喀什专区、和田专区、阿克苏专区、莎车专区、克孜勒苏柯尔克孜自治州，行政公署治伊宁市（政务院1954年批准）
设立伊犁哈萨克自治州，辖伊犁专区、塔城专区、阿勒泰专区、州首府为伊宁市（1954年11月27日成立）
设立昌吉回族自治州，辖乌鲁木齐专区的乌鲁木齐县、米泉县、昌吉县，驻地昌吉县（政务院1954年3月16日批准）
设立巴音郭楞蒙古自治州，辖焉耆专区的和靖县、和硕县、焉耆回族自治县，驻地焉耆回族自治县（政务院1954年7月16日批准）
焉耆专区更名为库尔勒专区，驻地由焉耆回族自治县迁至库尔勒县（政务院1954年7月16日批准）
设立克孜勒苏柯尔克孜族自治自治州，辖喀什专区的博乐阿图什县、乌恰县及阿克苏专区的阿合奇县（1954年7月14日成立）
设立博尔塔拉蒙古自治州，辖伊犁专区的博乐县、精河县、温泉县（1954年7月13日成立）
阿山专区更名为阿勒泰专区（新疆省人民政府根据内务部意见于1954年2月1日报告备案）
迪化专区更名为乌鲁木齐专区（新疆省人民政府根据内务部意见于1954年2月1日报告备案）
阿泰县更名为阿勒泰县（新疆省人民政府根据内务部意见于1954年2月1日报告备案）
仉利克县更名为尼勒克县（新疆省人民政府根据内务部意见于1954年2月1日报告备案）
撤销七角井中心区，并入哈密县（内务部1954年4月12日批准）
撤销焉耆县，设立焉耆回族自治县（1954年3月15日成立）
撤销宁西县，设立察布查尔锡伯族自治县（1954年3月25日成立）
销木垒河县，设立木垒哈萨克族自治县（1954年7月17日成立）
撤销和丰县，设立和布克赛尔蒙古自治县（1954年9月10日成立）
撤销蒲犁县，设立塔什库尔干塔吉克族自治县（1954年9月17日成立）
撤销巴里坤县，设立巴里坤哈萨克自治县（1954年9月30日成立）
撤销莎车市，并入莎车县
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